В состав Краснодарстата, наряду с головной организацией, расположенной в г. Краснодаре, входят 2 отдела, расположенных в г. Майкопе, и 6 районных и городских отделов, осуществляющих сбор статистической отчетности на территориях муниципальных районов (городских округов) Краснодарского края.